Die Züchtung neuer, optimierter Pflanzenarten hat in der Landwirtschaft schon immer eine tragende Rolle gespielt. Seit Jahrtausenden versuchten Landwirte, durch eine Kreuzung und Rückkreuzung bestimmter Pflanzen neue Pflanzenarten hervorzubringen, die zum Einen besser gegen pflanzentypische Krankheiten resistent waren, zum Anderen besser an den jeweiligen Standort und dessen Klima angepasst waren und nicht zuletzt höhere Erträge, größere und schmackhaftere Früchte versprachen. Allerdings ist die Züchtung auf natürlichem Weg mit hohen Kosten verbunden und sehr zeitaufwändig. Denn um herauszufinden, ob die gekreuzten Pflanzen die gewünschten Eigenschaften aufweisen, muss bei herkömmlichen Züchtungen ein mehrmaliger Testanbau erfolgen. Die Entwicklung neuer Pflanzenarten nimmt dadurch nicht selten mehrere Jahrzehnte in Anspruch.

Die grüne Biotechnologie, auch Agrarbiotechnologie genannt, ist in der Lage, diesen langwierigen Prozess enorm zu beschleunigen und die Kosten für die Entwicklung neuer Pflanzenarten zu senken. Möglich macht dies die Erforschung der Pflanzengenome und die Optimierung der neuen Pflanzenarten auf gentechnischer Grundlage. Ein geläufiges Beispiel hierfür ist der gentechnisch veränderte Mais, der eine Resistenz gegen den Maiszünsler aufweist. Diese Resistenz resultiert daraus, dass in der Pflanze ein Gen des Bodenbakteriums Bacillus thuringiensis, kurz Bt, enthalten ist. Dieser so genannte Bt-Mais stellt bisher die einzige gentechnisch veränderte Pflanze dar, die in Deutschland zugelassen ist. Er wird hauptsächlich in Mecklenburg-Vorpommern, Brandenburg und Sachsen-Anhalt angebaut.

Einen enormen Auftrieb bekam die grüne Biotechnologie im 19. Jahrhundert durch die Mendelsche Vererbungslehre, die noch heute für die Biotechnologie einen bedeutenden Grundstein darstellt. Seitdem steht die Erforschung der Pflanzengenome an erster Stelle, wenn es um die Züchtung neuer Pflanzenarten geht. Was bislang nur durch aufwändige Kreuzungen und lang andauernde Beobachtungen möglich war, erfolgt nun in einer Art Zeitraffer. Die langwierige Beobachtung neu gekreuzter Spezies kann verkürzt werden, indem die Merkmale der Pflanze auf genetischer Ebene betrachtet werden. Pflanzen, die die gewünschten Merkmale nicht aufweisen, werden rechtzeitig aussortiert. Die Rede ist hier von der so genannten  Markter gestützten Selektion.

Auf genetischer Ebene werden positive Eigenschaften von Pflanzen bestimmt und die Gene, die für eben diese Eigenschaften verantwortlich sind, lokalisiert. Neu gezüchtete Arten können im Bereich der grünen Biotechnologie hinsichtlich der Wechselwirkung ihrer Eigenschaften erforscht werden. Ob die neu entstandenen Züchtungen die gewünschten Eigenschaften in vollem Umfang aufweisen, kann durch den Anbau nur weniger Nachkommen getestet werden. Der Praxistest, der natürlich auch bei den gentechnisch entwickelten Pflanzen nicht außen vor gelassen werden kann, nimmt dank der modernen Verfahren und des neu gewonnenen Wissens durch die fortschreitende Erforschung des pflanzlichen Genoms nicht mehr so viel Zeit und Geld in Anspruch.